Question

我对ggplot很新，我正在尝试创建刻面堆积条形图。我正在研究不同菌株在几个时间点的相对丰度。以下是我的数据的简化版本：

ID  Tmpt    Rep B1  B2  B3
A1  1       1   .2  .4  .4
A2  1       2   .1  .4  .5
A3  2       1   .2  .45 .35
A4  2       2   .2  .3  .5
A5  3       1   .15 .5  .35
A6  3       2   .2  .5  .3

我的实际数据有更多的时间点（Tmpt），reps和细菌菌株（变量B1-B3），但这是相同的格式。 ID只是样品的任意标签，B1中的值表示细菌B1中培养皿的百分比（同样适用于B2和B3）。

我想制作刻面堆积条形图（由rep刻面），其中每个堆积条形图每个时间点有一个条形（所以在这个例子中，将有2个小平面，每个小平面有3个小节）。我想要根据B1，B2和B3的覆盖百分比对每个条形图进行着色（这样就会有3种颜色，每种细菌一种颜色）。我之前使用过geom_bar()，我想我可以弄清楚如何制作切面条形图，但我不知道如何着色它。我在ggplot中看到的aes(fill = mycondition)的所有示例都包含数据集中单个列中的所有类别，而不是多列。如果没有完全重新格式化我的数据，有没有办法做到这一点？

Answer 1

没有。如果图中的每个项目只代表一个数据项，ggplot效果最佳。让自己熟悉reshape2或reshape软件包，数据重新格式化将不会成为问题。

library(reshape2)
data.m <- melt(data, id.vars=c("ID", "Tmpt", "Rep"))

您应该可以直接使用data.m以您需要的方式绘制数据：

ggplot(data.m, aes(color=variable)) + facet_wrap(~Rep) + geom_bar(...)

另请参阅以下稍微相关的问题：Repeat values to multiple plots when faceting

在ggplot中着色堆积条形图：如果我的填充变量由多个列组成，该怎么办？

1 个答案: