Question

我正在尝试使用笔记本电脑上的并行处理在R中运行NetLogo模拟（使用RNetLogo软件包）。我试图用3（即0,25和50）不同的“最小分离”值来评估“女性的t喂养”。对于每个“最小间隔”值，我想复制模拟10次。我可以使用lapply正确运行所有内容，但我遇到parLapply时遇到问题。我刚刚开始使用“并行”包，所以我确信它是语法中的东西。

#Set up clusters for parallel
processors <- detectCores()
cl <- makeCluster(processors)

#Simulation
sim3 <- function(min_sep) {
 NLCommand("set minimum-separation ", min_sep, "setup")
 ret <- NLDoReport(720, "go", "[t-feeding] of females", as.data.frame=TRUE)
 tot <- sum(ret[,1])
 return(tot)
}  

#Replicate simulations 10 times using lapply and create boxplots.  This one works.
rep.sim3 <- function(min_sep, rep) {
 return(
 lapply(min_sep, function(min_sep) {
 replicate(rep, sim3(min_sep))
 })
 )
}
d <- seq(0,50,25)
res <- rep.sim3(d,10)
boxplot(res,names=d, xlab="Minimum Separation", ylab="Time spent feeding")

#Replicate simulations 10 times using parLapply.  This one does not work.
rep.sim3 <- function(min_sep, rep) {
 return(
 parLapply(cl, min_sep, function(min_sep) {
 replicate(rep, sim3(min_sep))
 })
 )
}
d <- seq(0,50,25)
res <- rep.sim3(d,10)

# Error in checkForRemoteErrors(val) : 3 nodes produced errors; first error: could not find function "sim3"

#Replicate simulations 10 times using parLapply.  This one does work but creates a list of the wrong length and therefore the boxplot cannot be plotted correctly.
rep.sim3 <- function(min_sep, rep) {
 return(
 parLapply(cl, replicate(rep, d), sim3))
}
d <- seq(0,50,25)
res <- rep.sim3(d,10)

理想情况下，我想让第一个parLapply工作。或者，我想我可以从res修改parLapply，以便列表的长度为max_sep而不是30.但是，我似乎无法做到这一点。任何帮助将不胜感激！

提前致谢。

Answer 1

您需要在执行rep.sim3之前初始化集群工作者。该错误消息表明您的工作人员无法执行sim3功能，因为您尚未将其导出。另外，我注意到你还没有在工作人员上加载RNetlogo包。

初始化工作人员的最简单方法是使用clusterEvalQ和clusterExport函数：

clusterEvalQ(cl, library(RNetLogo))
clusterExport(cl, 'sim3')

请注意，您不应在rep.sim3函数中执行此操作，因为这样做效率低且不必要。在创建群集对象后立即执行一次，并且已定义sim3。

这种初始化是必要的，因为通过makeCluster启动的工作人员对您的变量或函数或R会话的任何其他内容一无所知。并且parLapply不会分析您传递给它的函数，而不仅仅是lapply。区别在于lapply在本地R会话中执行，其中定义了sim3并加载了RNetLogo包。 parLapply在远程R会话中执行指定的函数，该函数尚未通过执行R脚本进行初始化。

使用parLapply运行NetLogo模型时遇到问题

1 个答案: