在PHP中提取DNA序列的处理信息

时间:2013-06-02 12:33:35

标签: php perl bioinformatics information-extraction

嗨,请专家助手,

这是我发布的第一个问题,我看到收到其他问题的精彩答案。我的问题如下;

我想通过提供处理(例如FASTSNP网站)的网站处理我的与DNA序列相关的查询(SNP:对每个SNP具有特定唯一ID的单核苷酸多态性)后提供的结果(输出)。给定SNP的排名基础,并能够将提取的结果存储在MySQL数据库中。有没有办法使用正则表达式或任何其他PHP和/或Perl(out命令这样做?任何人都可以帮助我。

提前谢谢!

2 个答案:

答案 0 :(得分:0)

欢迎使用stackoverflow!首先,我想第二个@amon。如果您有任何代码想法,请发布它们。否则,你可能会提出一个更精确的问题。也就是说,无论如何我会尝试给出答案,如果你提供任何进一步的规范,我可以更新它。

如果您正在使用序列或更一般地说生物信息学,那么您一定要查看Bioperl。它提供了生物信息学中最常用数据格式的接口,甚至还包括某些在线资源(包括数据库)的接口。 然后有一些Perl模块可以与数据库进行交互,对于SQL数据库我会猜测SQL::DB可能是一个很好的起点,但到目前为止我还没有使用过任何一个。

答案 1 :(得分:0)

我会谦卑地建议您使用perl。

WWW::Mechanize可以为您运行查询并获得结果。它有一个submit_form方法。链接页面上的简单示例(概要)向您展示了如何。

获得结果后,您可以使用sort按照您需要的任何方式订购结果。

还有许多很棒的数据库访问模块。

您可以发布可能发送到FASTSNP网站的示例查询吗?