我正在试图弄清楚如何在没有运气的情况下将输出输出到mysqlimport。我有一个巨大的文件(~250 GB),我想在处理它之后管道到mysqlimport。我不想创建一个中间文件/表。我想象的是这样的事情:
cat genome.mpileup | nawk'sub(“^ ...”,“”)'| mysqlimport -uuser -ppassword数据库
但显然这不起作用。有关如何实现这一目标的任何建议吗?
答案 0 :(得分:4)
看起来mysqlimport看起来不像STDIN,但你可以尝试使用named pipe。像这样(未经测试)
mkfifo bigfile
mysqlimport -uuser -ppassword Database bigfile &
cat genome | nawk > bigfile
或者您可以使用an extension来bash来运行命令而不是文件
mysqlimport -uuser -ppassword Database <(cat genome | nawk)
答案 1 :(得分:0)
安德烈亚斯的第二个选项似乎确实不可能,但是我尝试了成功的第一个选项,它很适合我。