Python版本2.7:XML ElementTree:如何迭代子元素的某些元素以便找到匹配项

时间:2013-03-26 17:01:34

标签: python xml elementtree

我是一名编程新手,很少使用python,所以请在我尝试解释我想要做的事情时请耐心等待:)

我有以下XML:

<?xml version = "1.0" encoding = "utf-8"?>
<Patients>
    <Patient>
               <PatientCharacteristics>
                   <patientCode>3</patientCode>
               </PatientCharacteristics>
               <Visits>
                   <Visit>
                          <DAS>
                               <CRP>14</CRP>
                               <ESR/>
                               <Joints>
                                       <DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
                                       <SWOL28>20</SWOL28>
                                       <TEN28>20</TEN28>
                               </Joints>
                          </DAS>
                          <VisitDate>2010-02-17</VisitDate>
                   </Visit>
                   <Visit>
                          <DAS>
                               <CRP>10</CRP>
                               <ESR/>
                               <Joints>
                                       <DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
                                       <SWOL28>15</SWOL28>
                                       <TEN28>20</TEN28>
                               </Joints>
                          </DAS>
                          <VisitDate>2010-02-10</VisitDate>
                   </Visit>
               </Visits>
    </Patient>
    <Patient>
        <PatientCharacteristics>
                   <patientCode>3</patientCode>
        </PatientCharacteristics>
               <Visits>
                   <Visit>
                          <DAS>
                               <CRP>14</CRP>
                               <ESR/>
                               <Joints>
                                       <DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
                                       <SWOL28>34</SWOL28>
                                       <TEN28>0</TEN28>
                               </Joints>
                          </DAS>
                          <VisitDate>2010-08-17</VisitDate>
                   </Visit>
                   <Visit>
                          <DAS>
                               <CRP>10</CRP>
                               <ESR/>
                               <Joints>
                                       <DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
                                       <SWOL28></SWOL28>
                                       <TEN28>2</TEN28>
                               </Joints>
                          </DAS>
                          <VisitDate>2010-07-10</VisitDate>
                   </Visit>
                   <Visit>
                          <DAS>
                               <CRP>9</CRP>
                               <ESR/>
                               <Joints>
                                       <DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
                                       <SWOL28>56</SWOL28>
                                       <TEN28>6</TEN28>
                               </Joints>
                          </DAS>
                          <VisitDate>2009-07-10</VisitDate>
                   </Visit>
               </Visits>

    </Patient>
</Patients>

我想要做的就是更新某些'SWOL28'值,如果它们与我存储在文本文件中的patientCode和VisitDate相匹配。据我所知,elementtree不包含父引用,就好像它一样,我可以从根使用findall()并从那里向后工作。现在这里是我的伪代码:

  1. 对于文本文件中的每一行:
  2. 将Visit_Date Patient_Code New_SWOL28放入变量
  3. 对于每个患者元素:
  4. 如果patientCode = Patient_Code
  5. 对于每个访问元素:
  6. 如果VisitDate = Visit_Date
  7. 如果此次访问存在SWOL28元素
  8. 将SWOL28更新为New_SWOL28
  9. 但是我被困在第5步。如何获得迭代的访问列表?抱歉,如果这是一个非常愚蠢的问题,但我已经高低搜索了我给你的答案!我已将我的代码删除到我需要修复的部分的简单示例:

    import xml.etree.ElementTree as ET
    tree = ET.parse('DB3.xml')
    root = tree.getroot()
    for child in root: # THIS GETS ME ALL THE PATIENT ATTRIBUTES
        print child.tag 
        for x in child/Visit: # THIS IS WHAT I CANNOT FIND THE CORRECT SYNTAX FOR
            # I WOULD THEN PERFORM STEPS 6, 7 AND 8 HERE
    

    我非常感谢你们对此有任何想法。我不是一个自然而然的编程!

    提前致谢, 萨拉

    修改1:

    根据SVK的建议,我尝试了以下内容:

    import xml.etree.ElementTree as ET
    tree = ET.parse('Untitled.xml')
    root = tree.getroot()
    for child in root:
        print child.tag 
        child.find( "visits" )
        for x in child.iter("visit"):
            print x.tag, x.text
    

    但我得到的唯一输出是: 患者 患者 并没有较低的标签。有什么想法吗?

4 个答案:

答案 0 :(得分:5)

您可以直接在元素“元素”下迭代所有“visit”标记,如下所示:

for x in element.iter("visit"):

您可以找到与某个标签匹配的元素的第一个直接子元素:

element.find( "visits" )

看起来您首先必须找到“visits”元素,它是“visit”的父元素,然后遍历其“visit”子元素。将这些放在一起你会有这样的事情:

for patient_element in root:
    print patient_element.tag 
    visits_element = patient_element.find( "visits" )
    for visit_element in visits_element.iter("visit"):
        print visit_element.tag, visit_element.text
        # ... further processing of each visit element here

一般情况下,请查看xml.etree.ElementTree文档中的“查找有趣元素”部分:http://docs.python.org/2/library/xml.etree.elementtree.html#finding-interesting-elements

答案 1 :(得分:4)

这是未经测试的,它应该非常接近你想要的。

for patient in root:
    patient_code =  patient.find('PatientCharacteristics').find('patientCode')
    if patient_code.text == code:
            for visit in patient.find('Visits'):
                    visit_date = visit.find('VisitDate')
                    if visit_date.text == date:
                        swol28 = visit.find('DAS').find('Joints').find('SWOL28')
                        if swol28.text:
                            visit.find('DAS').find('Joints').set('SWOL28', new_swol28)

答案 2 :(得分:0)

您可以使用CssSelector从Patient元素中获取所需的节点:

from lxml.cssselect import CSSSelector
visitSelector = CSSSelector('Visit')
visits =  visitSelector(child)

您也可以这样做以获取patientCode标签和SWOL28标签 然后,您可以使用element.text

访问和修改元素的文本

答案 3 :(得分:0)

如果您使用lxml.etree,则可以使用xpath查找需要更新的元素。

E.g。

doc.xpath('Patient[PatientCharacteristics/patientCode=$patient]/Visits/Visit[VisitDate=$visit]',patient="3",visit="2009-07-10")

所以

from lxml import etree

doc = etree.parse("DB3.xml")

changes = [
  dict(patient='3',visit='2010-08-17',swol28="99"),
]

def update_doc(x,d):
  for row in d:
    for visit in x.xpath('Patient[PatientCharacteristics/patientCode=$patient]/Visits/Visit[VisitDate=$visit]',**row):
      for swol28 in visit.xpath('DAS/Joints/SWOL28'):
        swol28.text = row['swol28']

update_doc(doc,changes)

print etree.tostring(doc)

应该为您提供包含以下内容的内容:

<Patient>
  <PatientCharacteristics>
    <patientCode>3</patientCode>
  </PatientCharacteristics>
  <Visits>
    <Visit>
      <DAS>
      <CRP>14</CRP>
      <ESR/>
      <Joints>
        <DAS_PROFILE>28/28</DAS_PROFILE>
        <SWOL28>99</SWOL28>
        <TEN28>0</TEN28>
      </Joints>
    </DAS>
    <VisitDate>2010-08-17</VisitDate>
    </Visit>
  </Visits>
</Patient>