Question

我正在运行一个带有多个参数的exe，这些参数可能包含也可能不包含空格。我用引号括起来但是它们不知何故没有正确地传递给exe。

这是我正在使用的命令：

makeblastdb -in "D:\d b\sequence.fasta" -input_type fasta -dbtype prot -title xd -out "D:\d b\xd"

我认为cmd应该向exe传递10个参数，但不知何故它没有正确传递。

这是我得到的结果

BLAST options error: File "D:\d" does not exist.

基本上是说第二个论点因某种原因被切断了？

任何帮助将不胜感激，谢谢！

Answer 1

根据您对问题的评论，BLAST实用程序无法正确处理带空格的引用路径，并且您的卷不支持短文件名。

显然，您可以将工作目录移动到不包含空格的路径。

另一种方法是使用SUBST临时创建指向有问题路径的虚拟驱动器。

subst K: "d:\d b"
makeblastdb -in "K:\sequence.fasta" -input_type fasta -dbtype prot -title xd -out "K:\xd"
subst /d K:

输入subst /?以获取有关该命令的帮助。

根据您在python中运行命令的事实进行更新

在您对此答案的评论中，您声明您将尝试从python中获取命令。这可能是你问题的全部来源。

您应该尝试直接从Windows命令提示符（cmd.exe控制台）运行问题中的命令。

如果命令在命令提示符下不起作用，那么BLAST实用程序确实存在问题，SUBST是一个很好的解决方案。

如果命令在命令提示符下工作，则问题在于如何从python中弹出命令，并且不需要SUBST命令。

我不是python用户，但我发现许多人在Windows上使用python时遇到类似的问题。也许这会有所帮助：How do I execute a program from python? os.system fails due to spaces in path

Answer 2

makeblastdb有一个奇怪的转义约定。试试这个：

-in \""D:\d b\sequence.fasta"\"

不幸的是，这对-out不起作用，所以dbenham的答案可能是最好的。

Answer 3

替代方法是您可以尝试使用目录短名称“D:\d b”，您可以通过在D驱动器上运行dir /X命令找到它。例如，如果我在我的C盘上运行dir / X，这就是我得到的：

01/21/2013    09:47 AM    <DIR>      PROGRA~1     Program Files

因此，您希望使用C:\Program Files，也可以使用C:\PROGRA~1。