Question

使用R时，我经常收到错误消息“下标越界”。 For example：

# Load necessary libraries and data
library(igraph)
library(NetData)
data(kracknets, package = "NetData")

# Reduce dataset to nonzero edges
krack_full_nonzero_edges <- subset(krack_full_data_frame, (advice_tie > 0 | friendship_tie > 0 | reports_to_tie > 0))

# convert to graph data farme 
krack_full <- graph.data.frame(krack_full_nonzero_edges) 

# Set vertex attributes
for (i in V(krack_full)) {
    for (j in names(attributes)) {
        krack_full <- set.vertex.attribute(krack_full, j, index=i, attributes[i+1,j])
    }
}

# Calculate reachability for each vertix
reachability <- function(g, m) {
    reach_mat = matrix(nrow = vcount(g), 
                       ncol = vcount(g))
    for (i in 1:vcount(g)) {
        reach_mat[i,] = 0
        this_node_reach <- subcomponent(g, (i - 1), mode = m)

        for (j in 1:(length(this_node_reach))) {
            alter = this_node_reach[j] + 1
            reach_mat[i, alter] = 1
        }
    }
    return(reach_mat)
}

reach_full_in <- reachability(krack_full, 'in')
reach_full_in

这会生成以下错误Error in reach_mat[i, alter] = 1 : subscript out of bounds。

但是，我的问题不是关于这段特殊的代码（尽管解决这个问题也很有帮助），但我的问题更为笼统：

下标 - 越界错误的定义是什么？是什么原因造成的？
是否有任何通用方法来处理此类错误？

Answer 1

这是因为您尝试从其边界外访问数组。

我将向您展示如何调试此类错误。

我设置options(error=recover)

我跑reach_full_in <- reachability(krack_full, 'in') 我明白了：

reach_full_in <- reachability(krack_full, 'in')
Error in reach_mat[i, alter] = 1 : subscript out of bounds
Enter a frame number, or 0 to exit   
1: reachability(krack_full, "in")

我输入1然后我
```
 Called from: top level 
```

我输入ls()以查看我当前的变量

  1] "*tmp*"           "alter"           "g"               
     "i"               "j"                     "m"              
    "reach_mat"       "this_node_reach"

现在，我将看到变量的维度：

Browse[1]> i
[1] 1
Browse[1]> j
[1] 21
Browse[1]> alter
[1] 22
Browse[1]> dim(reach_mat)
[1] 21 21

你看到alter超出界限。 22> 21。在行：

  reach_mat[i, alter] = 1

为了避免这样的错误，我个人这样做：

尝试使用applyxx功能。它们比for
我使用的是seq_along而不是1:n（1：0）
如果可以避免mat[i,j]索引访问，请尝试在矢量化解决方案中思考。

编辑矢量化解决方案

例如，我在这里看到你没有使用set.vertex.attribute被矢量化的事实。

您可以替换：

# Set vertex attributes
for (i in V(krack_full)) {
    for (j in names(attributes)) {
        krack_full <- set.vertex.attribute(krack_full, j, index=i, attributes[i+1,j])
    }
}

由此：

##  set.vertex.attribute is vectorized!
##  no need to loop over vertex!
for (attr in names(attributes))
      krack_full <<- set.vertex.attribute(krack_full, 
                                             attr, value = attributes[,attr])

Answer 2

它只表示alter > ncol( reach_mat )或i > nrow( reach_mat )，换句话说，您的索引超出数组边界（i大于行数，或者alter大于列数）

只需运行上述测试即可查看发生的情况和时间。

Answer 3

我有时遇到同样的问题。我只能回答你的第二颗子弹，因为我不像其他语言那样专注于R。我发现标准for循环有一些意想不到的结果。说x = 0

for (i in 1:x) {
  print(i)
}

输出

[1] 1
[1] 0

而使用python，例如

for i in range(x):
  print i

什么都不做。未输入循环。

我预计，如果{，1}在R中，则不会输入循环。但是，x = 0是有效的数字范围。我还没有找到一个好的解决方法，除了包含1:0循环的if语句

Answer 4

如果这对任何人都有帮助，我在将purr :: map（）与我编写的函数一起使用时遇到了这样的情况：

find_nearby_shops <- function(base_account) {
   states_table %>% 
        filter(state == base_account$state) %>% 
        left_join(target_locations, by = c('border_states' = 'state')) %>% 
        mutate(x_latitude = base_account$latitude,
               x_longitude = base_account$longitude) %>% 
        mutate(dist_miles = geosphere::distHaversine(p1 = cbind(longitude, latitude), 
                                                     p2 = cbind(x_longitude, x_latitude))/1609.344)
}

nearby_shop_numbers <- base_locations %>% 
    split(f = base_locations$id) %>% 
    purrr::map_df(find_nearby_shops)

有时候我会在样本中得到这个错误，但是大多数时候我不会。问题的根源是base_locations表（PR）中的某些状态不存在于states_table中，因此本质上我已经过滤掉了所有内容，并将一个空表传递给mutate。 故事的寓意是，您可能遇到数据问题，而没有（仅仅是）代码问题（因此您可能需要清理数据。）

感谢上面的agstudy和zx8754的答案，以帮助进行调试。

Answer 5

这来自standford的sna免费教程它声明......

# Reachability can only be computed on one vertex at a time. To # get graph-wide statistics, change the value of "vertex" # manually or write a for loop. (Remember that, unlike R objects, # igraph objects are numbered from 0.)

好吧，所以当使用igraph时，第一个滚动/列是0而不是1，但矩阵从1开始，因此对于igraph下的任何计算，你需要x-1，如

所示

this_node_reach <- subcomponent(g, (i - 1), mode = m)

但是对于改变计算，这里有一个拼写错误

alter = this_node_reach[j] + 1

删除+1，它将正常工作

Answer 6

只有上述回复的补充：在这种情况下，您可能正在调用一个对象，由于某种原因，您的查询无法使用该对象。例如，您可以按行名称或列名进行子集，当您请求的行或列不再是数据矩阵或数据框的一部分时，您将收到此错误消息。解决方案：作为上述响应的简短版本：您需要找到最后一个工作行名称或列名称，下一个调用对象应该是无法找到的对象。如果你运行像“foreach”这样的并行代码，那么你需要将代码转换为for循环才能对其进行故障排除。

Answer 7

它对我的影响是返回代码并检查错误或不确定的更改，并专注于需要而不是好的。

下标超出界限 - 一般定义和解决方案？

7 个答案: