Question

我在安装Python包rpy2时遇到问题。我已经将R编译为共享库，但我没有管理员权限，因此我尝试使用以下命令安装rpy：

pip install -user rpy2

但是，我收到以下错误：

./ rpy / rinterface / _rinterface.c:86:31：致命错误：   readline / readline.h：没有这样的文件或目录

编译终止。

错误：命令'gcc'因退出状态1而失败

我已将readline下载到：

/some/path/readline-6.2/

我可以看到readline.h（我还编译了readline以防万一）

我的问题：

如何使用rpy2使readline.h（或pip）知道此位置以避免标头编译错误？

Answer 1

您需要实际安装readline，而不仅仅是下载它，然后使用rpy2和CFLAGS将LDFLAGS指向它。

尝试这种方法。它几乎对我有用 - 我有同样的问题，除了rpy2似乎与系统R而不是我的homedir安装链接的额外皱纹。

首先，我将readline下载到~/src/readline-6.2，并将其与./configure --prefix=$HOME && make && make install一起安装。（您需要在某处安装它，而不仅仅是下载源。）

然后我用

重新编译了R.

CPPFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
./configure --prefix=$HOME --enable-BLAS-shlib --enable-R-shlib
make
make install

R现在肯定正在使用该readline：

$ ldd ~/lib64/R/lib/libR.so | grep readline
libreadline.so.6 => /home/dsutherl/lib/libreadline.so.6 (0x00007f8104207000)

对于我的家庭内部安装Python（3.2.3，因为h5py还不能与3.3一起使用）相同：

CFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
./configure --prefix=$HOME
make
make install

再次：

$ ldd ~/lib/python3.2/lib-dynload/readline.cpython-32m.so | grep readline
libreadline.so.6 => /home/dsutherl/lib/libreadline.so.6 (0x00007fbfff5c2000)

然后我下载了rpy2源并构建了：

CFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
python3 setup.py build --r-home $HOME/lib64/R install

这似乎很成功，并且ldd .so位于site-packages/rpy2的{{1}}链接到右libreadline ...但是系统R我的，尽管明确--r-home。

Answer 2

更简单：

yum install readline-devel.x86_64

在centos 7上为我奔跑

对于debian / ubuntu

apt-get install libreadline-dev

Answer 3

在linux中的某个时候需要sudo apt-get升级，以获取新闻库，可能会起作用

Answer 4

这是另一种选择，但你也需要root权限...... sudo apt-get install libreadline-dev

没有管理员权限安装rpy2

我的问题：

4 个答案: