unique.et. pBH
1 AFFX-r2-P1-cre-5_at 1.646105e-14
2 AFFX-r2-P1-cre-3_at 1.752547e-14
3 AFFX-r2-Ec-bioD-5_at 2.426254e-14
127 267584_at 1.820809e-14
149 267562_at 1.646105e-14
200 267511_at 1.880226e-14
以下是我必须从中提取具有显着p值的探针的原始矩阵,这样我才能获得信号强度值。
AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304 12.16271
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271
因此,如果我认为探针命名为AFFX-r2-P1-cre-5_at,p值为1.646105e-14,我需要从其他探针列表中提取相同的探针以及强度值。我试过了但是做不到。
我还想问你们所有的教程是否有明确的例子,以便我能理解这个概念。
答案 0 :(得分:1)
#data.frame with significant cases
df1 <- read.table(text=" unique.et. pBH
1 AFFX-r2-P1-cre-5_at 1.646105e-14
2 AFFX-r2-P1-cre-3_at 1.752547e-14
3 AFFX-r2-Ec-bioD-5_at 2.426254e-14
127 267584_at 1.820809e-14
149 267562_at 1.646105e-14
200 267511_at 1.880226e-14",header=T,stringsAsFactors=FALSE)
#all data
df2 <- read.table(text="AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304 12.16271
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271",header=F,stringsAsFactors=FALSE)
#select cases of df2 that occur in df1
df2[df2$V1 %in% df1$unique.et,]
# V1 V2 V3 V4 V5 V6
#2 AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
#3 AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271