Question

我想在一个字符串上找到一个特定的点（从消极的一面）到我给出的字符串。

AAAAAAAAAACCCCCCCCCCTTTTTTTTTTGGGGGGGGGG TTTTTTTTTTGGGGGGGGGGAAAAAAAAAACCCCCCCCCC

所以你需要转换坐标。在底链上，碱基0（最右边的C）与顶部链上的碱基39相对。基数1与基数38相对。基数2与情况37相反。（重点：注意每次添加这两个数字时会发生什么情况。）因此，基数10与基数29相对，基数19与基数20相对。 / p>

所以：如果我想在底线上找到10-20的基数，我可以看一下顶部的20-29（然后反向补充它）。

我写了以下内容：

fp = open(infile, 'r')
for line in fp:
   tokens = line.split()
   exonstarts = tokens[8][:-1].split(',')
   exonends = tokens[9][:-1].split(',')
   zipped = list(zip(exonstarts, exonends))
   chrom_len = len(chr_string)
   s = ''.join(bc[base.upper()] for base in chr_string[-starts-1:-ends-1] for starts, ends in zipped)+'\n'

然而，每次我这样做，我都会得到：

错误：未定义全局名称“开始”

我该如何解决这个问题？

Answer 1

尝试在上一个术语周围添加括号：

s = ''.join(bc[base.upper()] for base in (chr_string[-starts-1:-ends-1]\
                                         ^
            for starts, ends in zipped)) +'\n'
                                      ^

你在这里定义了两个不同的生成器。这相当于：

strands = (chr_string[-starts-1:-ends-1] for starts, ends in zipped)
complementary_strands = (bc[base.upper()] for base in stage_1)
joined_exons = ''.join(stage_2) + '\n'

Answer 2

您似乎试图在生成器表达式中做太多。

两个for是错误的方法。你的意思是：

s = ''.join(bc[base.upper()] for starts,ends in zipped for base in chr_string[-starts-1:-ends-1])+'\n'

然后为第二个starts定义了ends和for。

鉴于您今天提出的问题，我建议您阅读a good book，例如Dive Into Python 3，以便您自己解决这些问题。

Answer 3

您正在定义外显子，然后引用未定义的开始。

去一个字符串中的某个位置

3 个答案: